سلط برنامج حكم العسكر الضوء على علاقة المؤسسة العسكرية بالسياسة والحكم في سوريا، وكيف سخر حافظ الأسد المؤسسة العسكرية لخدمة عائلته وطائفته للبقاء في الحكم لأطول فترة ممكنة تمهيدا لتوريث ابنه بشار الأسد، ويكشف البرنامج تفاصيل استخدام الأسد للجيش من أجل فرض سلطته على الدولة وإقصاء جميع خصومه باستخدام القبضة الأمنية وسياسة التخويف والقمع.